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人民日报社是中共中央直属事业单位和中共中央的新闻机构，实行编委会领导下的社长负责制。

中央纪委在人民日报社派驻纪检组。

在2009年，经中央批准，人民日报社进行机构与职能调整改革，后又根据发展需要进行局部调整，形成由23个内设机构、1个所属事业单位、72个派出机构、30种社属报刊及若干个社属企业组成的基本架构，初步建立健全了责权一致、分工合理、执行顺畅、监督有力的运行机制和管理体制。