《使徒行者1》电影版剧情讲述了警队卧底配合警察剿灭郭铭犯罪集团，而其手下魔童和蓝爵命悬一线，一场警方与歹徒的生死之争的故事。

高级警官康Sir遭人杀害，临死前他销毁了所有卧底的资料，以保护这些游走在生死线上的兄弟。

在此之后，警方开始着手恢复数据，与卧底们重新取得联系。

女卧底阿钉（佘诗曼 饰）某天收到一条康Sir发明的密码，在刑警男友阿Q（吴镇宇 饰）的指挥下，她尝试与这名神秘卧底进行接触。

另一方面，某披着合法公司外皮的黑道组织重要成员阿蓝（张家辉 饰）和邵志朗（古天乐 饰）联手袭击了竞争对手。

这二人情同手足，在公司少壮派中风头正劲，如日中天。

然而警方对他们行动的预判令阿蓝开始怀疑公司有内鬼存在。

经过几番试探，阿钉终于与神秘卧底接头，可是莫大的危险也向她奔涌袭来……